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首页 > 拜谱生物 > 干货分享 > 网临床药理学体现草酸钙肾结石氧化的应激状态和细菌感染受伤规则

网络药理学揭示草酸钙肾结石氧化应激和炎症损伤机制

发布时间:2024-08-02
草酸钙(CaOx)肾结石是泌尿程序性通熟悉的消化道疾病之三。肾企业中CaOx硫化锌过饱合基性岩会引发肾小管内部问题和凋亡,最后引发肾结石的确立。短链多余人体脂肪酸由消化道内好氧菌疾病堆肥营养饮食纤维棉生成,不仅能在轮廓线消化道防御程序中充分发挥出效果,还有在程序性标准上也充分发挥出重要的效果。这其中,丁酸是最丰富性的短链多余人体脂肪酸,有消除炎症和天然免疫抑制性效果,本研发刍议丁酸对CaOx肾结石的效果十分意向靶点。

围绕草酸钙肾结石相关机制研究,华山医生泌尿五官科吴忠老师、周子健博后于今年5月在Chem Biol Interact发表了相关成果,7月4日该团队又有一篇新作发表。吴忠教学、周子健研究生在Food and Chemical Toxicology(IF=4.3)上发表题为“Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9”的研究文章。研究人员发现丁酸在体外和体内均能抑制CaOx肾结石模型的氧化应激和炎症损伤,并利用网络药理学预测发现CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的靶基因,最后通过细胞实验证实CYP2C9在草酸诱导的HK-2细胞损伤模型中的作用。拜谱生物技术与吴忠教授、周子健博士团队再次合作,提供了wifi网络药学学服务的,助力预测CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的潜在靶点,为丁酸预防CaOx肾结石产生的临床应用奠定理论基础。

小文章明称:Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9(Food Chem Toxicol.,IF=4.3,2023.07) 大家工作单位:华山机构 科学研究目标:大鼠、HK-2血细胞 好友分组图片信息:照表组(Con)、模式化组(Model)和丁酸钠组(NaB) 拜谱提高技术应用:数据网络药理学学检侧

设想操作流程表

研究分析报告单

探索员1搭配大鼠三维对建模 ,凭借生理问题血生化指标值和结构病理学学染色的等探索的方式会发现丁酸可变少CaOx三维对建模 大鼠肾CaOx结晶的造成和拉伤,改善效果CaOx三维对建模 大鼠的炎症病变拉伤和被氧化反应有机化合物的无限理解。另外,丁酸还可限制草酸诱导性的HK-2神经元拉伤、被氧化反应应激状态和神经元凋亡。 为来探寻丁酸组成和靶人类dna组电脑数据数据网路,设计的人员从PubChem取得丁酸和丁酸酯的二维和三维图像组成(图1A)。经过PharmMapper数据报告信息报告库和Uniprot数据报告信息报告库解决后共需求出1115个丁酸靶人类dna组供进步定量讲解。将人类dna组表单使用STRING数据报告信息报告库,实施PPI电脑数据数据网路定量讲解。Cytoscape提供了重新排列的前20的核心靶人类dna组的简单电脑数据数据网路图,有CYP2C9、CASP3、MAPK14、ALB、HRAS、ABL、RARA、RARG、RXRB、PRKACA、NOS3、SRC、MMP9、KDR、HSP90AA1、HPGDS、GSTA3、GSTA1、GSR和GSTM2(图1B)。这个核心人类dna组与电脑数据数据网路中的其他人类dna组均表现形式出有一定的有关于内容性,意味着这个人类dna组也许起着着信息化发生反响。GO和KEGG定量讲解阐明了丁酸核心人类dna组的有关于内容路线和微生态学基本功能(图1C)。核心人类dna组极为决定性与类固醇肾上腺素类回话、空气氧化的应激性发生反响回话、抗逆性氧细胞核对类固醇肾上腺素类条件刺激的发生反响、对含酸性物理化学剂的发生反响有关。结合以上根据上述,这个核心人类dna组极为决定性进入了空气氧化的应激性发生反响和对抗逆性氧的微生物工程发生反响操作过程,是肾结石变成策略中至关极为决定性的路线,这意味着丁酸也许在肾结石中起着极为决定性发生反响。

图1| 丁酸的结构与靶人类基因在线具体分析(图源:Zijian Zhou., et al., Food Chem Toxicol.

为继续骤探秘丁酸对CaOx肾结石不容置疑切靶遗传DNA,理论科研者利用GEO信息库对GSE73680中卫生差表与CaOx肾结石我们的遗传DNA差别展开了理论科研。差表组与CaOx结石我们的有明显性好别传达遗传DNA(DEGs)产前筛查基准为P < 0.05、|log2(FC)| > 1。共筛分到3783个遗传DNA有有明显转变,进来3379个(89.4%)遗传DNA传达调整,404个(10.6%)遗传DNA传达上涨(图2A)。对DEGs展开聚类分析探析法探析,热图屏幕上显示了前10个被选中DEGs的二维等级聚类分析探析法显著特点(图2B)。接着随后,理论科研者能够 GeneCards信息库相应的职工鉴定结论了370个有可能与CaOx肾结石对应的遗传DNA,排行榜前20位的预计遗传DNA下列关于对应性评定长为2C已知。因为找出丁酸调理CaOx肾结石的要点靶点,理论科研者将PharmMapper中的丁酸靶点、GEO中的DEGs和GeneCards中的CaOx肾结石对应遗传DNA办理拥有一个多个Venn图。不可能,CYP2C9被确定好为丁酸印象CaOx肾结石的因素靶点(图2D)。虽然,理论科研者还展开了丁酸与CYP2C9的大分子连通,CYP2C9的几个核苷酸残基ASN-474、LYS-48和GLY-46与丁酸共同帮助,氢键能为4.2 kcal/mol(图2E)。 在采取网上药学学予测CYP2C9是丁酸引响CaOx肾结石的靶基因组后,设计技术人员还利用组织科学试验得知了CYP2C9可降低了草酸诱发的HK-2组织的ROS的水平、炎症病变直接损伤和凋亡。

图2| 绝大部分据库综合概述精准预测CYP2C9是丁酸角色于CaOx肾结石的靶遗传基因

探索结杲

本研究方案最先显示丁酸在身体和体內均能压制CaOx肾结石仿真模型的脱色应激反应状态和疾病磨损,紧接着按照微信网洛药剂学学挑选拥有丁酸直接影响CaOx肾结石的自身靶点——CYP2C9,之后按照人体组织實驗印证CYP2C9在草酸盐成脂的HK-2人体组织ROS品质、疾病磨损和凋亡。这一项些显示取决于丁酸将按照压制CYP2C9来压制CaOx肾结石的脱色应激反应状态,调低疾病磨损。这一项的时候中拜谱海洋生物学提供了了微信网洛药剂学学方法工作,虽然拜谱海洋生物学可提高自己改进改进的什么是基因组学、氨基酸质组学、代谢率组学等两组学产品的及方法工作,喜欢咨讯咨讯! 基准论文:Zhou Z, Zhou X, Zhang Y, Yang Y, Wang L, Wu Z. Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9. Food Chem Toxicol. 2023 Aug. doi: 10.1016/j.fct.2023.113925.
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