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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已展现出具有广泛性的怪物渗透性，收录抗癌肿和抗病性毒意义。经常，三萜是用甲羟戊酸行业生成的，并从天然冰值物和真菌孢子中拆分。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上提出了题写“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的的研究探讨文献。该的研究探讨发掘三萜类有机化合物野生野生灵芝酸（GA）是利用全自动锻炼的无柄野生野生灵芝菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生态学导出有的。能够转录组和血清质组学工艺进十步不断探索无柄野生灵芝粉菌丝体中DHT有哪几种野生灵芝粉酸（GA）的管理机制，并据几组学工艺查测到的异同化什么是基因和异同化血清，推断DHT 生态学生成 GA 的经由。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录混合物析和用途定义

能够对无柄虫草病菌菌丝体开始转录组测序共实现67230个转录本和14297个单DNA。在这一些单DNA中，498个被鉴别为不同表现出来出DNA（DEGs），这这当中213个表现出来出上浮，279个表现出来出调低（图1A）。GO丰度具体数据分析后，DEGs构成生态学具体步骤（BP）、人体细胞核有效成分（CC）和原子功能键（MF）3类。在BP种类中，出現了前三大子种类：抗生素类分离分解产生具体步骤，醋酸钠盐分解产生具体步骤和甲酸盐分解产生具体步骤;而在CC种类中，人体细胞核外区、突触组合体、突触组成部分是前三大亚类。我们对MF种类，甲酸脱氢酶（NAD）生物、空气氧化复原酶生物和酸氨（或酰胺）接入酶生物是前三大亚种类（图1B）。在DEGs的KEGG环路具体数据分析中，前30条丰度度最好的环路中含27条归属于分解产生，这这当中丁烷分解产生、乙醛酸盐和二羧酸盐分解产生、丙酸盐分解产生移动信号环路相关系数丰度（图1D）。

图1|转录混合物析和效果各类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

用对无柄野生灵芝真菌感染菌丝体来核血清质含量组学概述一下，共计确认了16,457种特点肽、2606种核血清质含量和2588种参考值核血清质含量。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的挑选能力下，于这2606种核血清质含量中，94种被鉴定费为差异化化展现方式核血清（DEPs），在这另外52种调涨，42种下降（图2A），图2C界面屏幕上表现了差异化化展现方式核血清的聚类概述法概述一下热图。从GO概述一下去看，BP专业类别界面屏幕上表现，绝大部分数DEPs陆续参与冰醋酸盐化解时、抗菌药化解化解时和药剂化解化解时。CC类DEPs在内部外区、过腐蚀物酶体和微体中总量最快，腐蚀保存酶亲水性和甲酸脱氢酶（NAD）亲水性在MF类中DEPs的正比最快（图2B）。与转录组统计资料形似，KEGG环路概述一下界面屏幕上表现，很多DEPs在化解中聚集，在这另外3条最聚集的途经是光合怪物中的碳固定好、碳化解和MAPK统计资料信息环路（图2D）。最后，用概述一下GO统计资料库的CC对DEPs来亚内部品牌定位概述一下和注解（图2E），DEPs注意区域在内部质（40.66%）、内部膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），实际上是GAs怪物合成视频的注意定位。

图2|血清质组的按量研究分析和实用功能确认

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为食物和转化了和比较组得票数DEGs和DEPs生产制作了维恩图，有20个异同展现什么是基因组遗传（图3A）。对转录组和血清质组中E组和C组共出的DEGs/DEPs实施聚类研究介绍研究介绍，知道mRNA和血清质左右有19个调整什么是基因组遗传和9个调低什么是基因组遗传，DEGs和他翻译英语的DEPs展现层次呈正重要性内容，由于Pearson的重要性内容标准值研究介绍，在转录组和血清质组左右的检测到对于较高的重要性内容性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）测试报告体现，E组和C组1二个DEGs的表答水平方向差别的相关系数，其中的9个为上浮DEGs，二个为降低DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表答发展与转录混合物析报告不一样。

图3|蛋白酶质组的酶联免疫法进行分析和作用印证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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